C’est au milieu du IVème siècle (vers 352) que s’élève la première fortification -le fort des Cluses- au col du Perthus. Les soldats romains (en 415) et mérovingiens (en 673) y affronteront les troupes wisigothes.

En 1285, le roi de Majorque, Jacques II, fait édifier une tour pour surveiller les terres de son frère ennemi, le roi d’Aragon. Une quarantaine d’années plus tard, la tour s’est fortifiée car un texte de 1324 évoque le château de Bellaguàrdia. Celui-ci tombera entre les mains de Pierre IV d’Aragon en 1344.

Dans le dernier tiers du XVème siècle (1475), Louis XI, en conflit avec le roi d’Aragon, se fait remettre la forteresse de Bellegarde et fait démanteler « la Clusa ». En 1493, le roi de France doit restituer le Roussillon au roi d’Aragon.

Après la signature du traité des Pyrénées (en novembre 1659), Bellegarde redevient sentinelle française. La place, décrite en 1660 « comme dépassée et incapable de tenir un siège» commence à se renforcer neuf ans plus tard. En mai 1674, les espagnols y mettent le siège et Bellegarde tombe en quelques jours. En juillet de l’année suivante, les troupes françaises la reprennent. Quatre ans plus tard, la place s’agrandit et se modernise. Les travaux, lancés par Vauban et Saint-Hilaire, vont durer une vingtaine d’années.

Durant la Révolution française, le général Ricardos met le siège devant Bellegarde. Après deux mois de résistance, la garnison française capitule (juin 1793). L’année suivante, ce sont les soldats du général Dugommier qui après trois mois de blocus reprennent la place (septembre 1794).

Jusqu’en 1914, une garnison française occupera le fort. Lors du second conflit mondial, Bellegarde sert d’hôpital (1939) puis les allemands l’occupent de 1943 à 1945.