Le site de " Perapertusa " (la pierre percée ?), apparaît comme celui de Quéribus en 1020, dans le testament de Bernard Ier, comte de Besalu. La forteresse est attestée de manière certaine en 1050 et appartient alors toujours à la même famille. Elle passe en 1111 à la maison des comtes de Barcelone. Lorsque le comte Alphonse II de Barcelone devient roi d'Aragon, en 1162, Peyrepertuse fait partie intégrante de la ligne fortifiée défendant la frontière nord de ses immenses possessions. Peyrepertuse échappe au massacre et à la destruction durant la Croisade Albigeoise. Son détenteur, Guilhem, préfère négocier sa soumission avec Simon de Montfort (1217). L'histoire n'est pas peuplée que de héros ! Louis IX l'achète en 1239 pour la somme de 20000 sols melgoriens et y entreprend de nombreux travaux, parmi lesquels la construction du château San Jordi (Saint-Georges). Place frontière entre France et Aragon, puis entre France et Espagne, elle perd tout intérêt stratégique après le rattachement du Roussillon à la couronne des lis. Elle conserve cependant une faible garnison jusqu'à la veille de la Révolution Française.