La seigneurie de Fougères apparaît au Xe siècle. Un nommé Méen fonde la forteresse vers l'an mil, au carrefour des grandes voies romaines qui mènent de Rennes à Bayeux et de Brest à Chartres. L'endroit est éminemment stratégique, aux confins de la Bretagne et de la Normandie. La nouvelle forteresse est donc très vite appelée à jouer un rôle important dans les relations houleuses entre les deux principautés.

Au XIIe siècle, Raoul II de Fougères (m. en 1194) est d'abord l'allié inconditionnel de Henri II Plantagenêt avant de devenir l'un de ses plus irréductibles ennemis. Le Plantagenêt assiège et détruit la forteresse en représailles (1166). Raoul II la fait aussitôt reconstruire et Henri vient l'assiéger derechef, en vain cette fois, quelques années plus tard. Raoul de Fougères poursuit sa carrière en Terre Sainte, accompagnant Philippe Auguste et Richard Cœur de Lion au cours de la Troisième Croisade (1190-1192). De retour sur son sol natal, il prend au soir de sa vie l'habit monastique en l'abbaye proche de Savigny, qu'il avait par ses largesses contribué à rendre prospère. Son successeur, Geoffroi, choisit le parti de Philippe Auguste contre celui de Richard Cœur de Lion.

Le XIIIe siècle voit un rapprochement significatif entre les sires de Fougères et la couronne de France. Pour les Capétiens, cette vigie face à la Bretagne verrouille les accès à la Normandie et au Maine et revêt donc un intérêt stratégique de premier plan. Pendant la difficile minorité de Louis IX et la fronde des grands vassaux, Raoul III de Fougères, en rupture de ban avec son suzerain, le duc de Bretagne Pierre Mauclerc (1213-1250), rend directement hommage au Capétien pour sa forteresse (1229). En réponse à cet affront, Mauclerc attaque Fougères l'année suivante et s'en empare par surprise. Louis IX avec son ost se présente aussitôt sous les remparts du château qu'il reprend sans difficulté. Raoul de Fougères est désormais un fidèle du roi de France qu'il accompagnera jusqu'en Egypte, lors de la Septième Croisade (1248-1254).

Raoul III meurt en 1256 en laissant pour seule héritière sa fille Jeanne, épouse du seigneur Hugues XI de Lusignan (m. en 1260). Les terres et le château passent donc dans le giron de cette puissante famille, dont l'un des membres s'est brièvement assis sur le trône de Jérusalem (Gui de Lusignan de 1186 à 1192). En ce milieu du XIIIe siècle, les Lusignan portent toujours la couronne de Chypre. A l'extinction de la lignée masculine en 1307, le roi Philippe IV le Bel (1285-1314) ne s'embarrasse pas de scrupules et met la main sur le patrimoine de la maison poitevine.

Fougères reste alors dans le giron de la couronne de France et est donnée à une branche cadette des Capétiens : la maison d'Alençon. A l'ouverture de la Guerre de Succession de Bretagne (1341) la place fait l'objet de toutes les convoitises de la part des deux camps en présence : les Montfort, alliés des Anglais, et Charles de Blois, allié des rois de France. Le château revient aux parti des Montfort après le traité de Guérande (1365). Du Guesclin le reprend une dizaine d'années plus tard et le restitue à la famille d'Alençon.

Jean II d'Alençon est fait prisonnier par les Anglais lors de la défaite des troupes françaises à Verneuil-sur-Avre (Eure), en 1424. Pour payer sa rançon, il se voit contraint de vendre Fougères au duc Jean V de Bretagne. Les successeurs de ce dernier s'emploient à compléter les fortifications de la vieille cité, qui marque désormais la limite orientale de leurs états. Le capitaine Aragonais François de Surienne parvient à s'en emparer pour le compte des Anglais en 1449. Mais le frère du duc François II, Pierre de Bretagne, l'enlève une dernière fois au mois de novembre de la même année.

Fougères n'en a pas pour autant terminé - loin s'en faut - avec les épisodes guerriers. En 1488, le roi de France Charles VIII fait donner son artillerie sous les vieilles murailles et le gouverneur du château doit capituler. Lorsque le roi de France épouse en 1491 l'unique héritière du duché à l'Hermine, la célèbre Anne de Bretagne, l'Armorique entre définitivement dans l'orbite française.

Durant la Révolution française, Fougères est un important foyer d'insurrection royaliste. Les Chouans et les Républicains l'occupent et tentent de la conserver à tour de rôle. Notons enfin que la ville subit de lourds bombardements en juin 1944.