La vie religieuse apparaît sur les bords de la " Fontaine qui guérit ", étymologie supposée de Fontaine-Guérard, vers 1135. Un prieuré de femmes est à cette date établi par le comte Amaury de Meulan, sire de Gournay, propriétaire des terres alentours.

La fin du XIIe siècle marque dans ce secteur un nouvel essor du mouvement monastique. Richard Cœur de Lion fonde en 1190 l'abbaye pour hommes de Bonport, près du Pont-de-l'Arche. A peu près à la même époque, sur requête de l'archevêque de Rouen Gautier de Coutances, le comte de Leicester Robert aux Mains Blanches fonde pour sa part Fontaine-Guérard, destinée aux moniales. Dès 1207, l'abbaye est affiliée à l'ordre cistercien et en 1218 se déroule la consécration de l'abbatiale en présence de l'archevêque de Rouen Robert Poulain. L'essentiel des bâtiments conventuels est achevé en 1253. Les abbesses, essentiellement issues de l'aristocratie locale, se succèdent jusqu'en 1789.

Un épisode tragique survient au XVe siècle. Un seigneur des environs, Guillaume de Léon, sire de Hacqueville, molestait régulièrement son épouse, la pauvre Marie de Ferrières. Afin d'échapper aux coups de son compagnon, Marie s'enferma à Fontaine-Guérard et souhaita prendre le voile. Mais Guillaume ne l'entendit pas de cette oreille, dépêcha sur place ses hommes de main qui se chargèrent d'égorger la malheureuse. En pénitence, Guillaume dut fonder une nouvelle chapelle dans l'enceinte même de l'abbaye. Il s'agit de la chapelle Saint-Michel, toujours visible de nos jours au-dessus du cellier.

La Révolution met un terme à près de 600 ans d'existence. La dernière abbesse, Marie-Madeleine-Eléonore du Bosc de Radepont, voit la dissolution de la communauté et la dispersion des douze moniales restantes. L'abbaye entame alors son calvaire. Elle est achetée en 1792 par l'industriel François Guéroult, " brillant esthète " à l'instar du triste Jean-Baptiste Lefort, qui sévit à peu près à la même époque à Jumièges. L'essentiel des bâtiments est détruit et les pierres sont utilisées pour la construction d'une filature de coton. Dès le milieu du XIXe siècle l'ensemble se trouve déjà sévèrement endommagé. Les propriétaires se succèdent jusqu'en 1937. Le dernier d'entre eux, M. Colombel, lègue le domaine à l'Armée du Salut. L'œuvre caritative entreprend la restauration du monument après la Seconde Guerre Mondiale et en assure toujours la gestion.