La communauté monastique de Jumièges fut créée en 654 par saint Philibert, inlassable évangélisateur et fondateur de nombreuses abbayes en Gaule du nord (Noirmoutier, Montivilliers, Pavilly…). La nouvelle entité prospéra rapidement et devint en peu de temps l'un des plus importants monastères du Royaume des Francs. La règle bénédictine s'y imposa au VIIIe siècle. C'est là que Charlemagne enferma le duc rebelle Tassilon de Bavière.

Elle subit de plein fouet le premier raid viking perpétré dans la vallée de la Seine, au mois de mai 841. La Chronique de Fontenelle, abbaye voisine aujourd'hui connue sous le nom de Saint-Wandrille, précise que Jumièges fut incendiée. Elle eut désormais à subir le pillage à chaque nouvelle incursion scandinave dans la région et les moines préférèrent quitter un endroit aussi exposé dès le milieu du IXe siècle.

C'est au duc de Normandie Guillaume Longue-Epée (v. 927-942), descendant direct de ceux qui avaient autrefois dévasté la région, que l'on doit la réimplantation d'une poignée de religieux à Jumièges vers 940. L'abbaye restaurée surpassa bientôt son lustre d'antan et sa renommée s'étendit à toute l'Europe Occidentale. Son scriptorium produisait notamment quantité de manuscrits de grande qualité. On commença la construction d'une nouvelle abbatiale vers 1035 et sa dédicace eut lieu le 1er juillet 1067, en présence de l'archevêque de Rouen Maurille et du duc de Normandie Guillaume le Conquérant (1035-1087), roi d'Angleterre depuis son sacre à Westminster le 25 décembre de l'année précédente.

L'abbaye bénéficia de la faveur ducale et reçut notamment une quantité appréciable de biens en Angleterre. Un chœur gothique vint compléter la magnifique abbatiale romane au XIIIe siècle. Elle subit à maintes reprises les outrages du pillage durant la Guerre de Cent Ans, en 1415 notamment. Charles VII (1422-1461), après avoir reconquis la Normandie (1450), combla la congrégation de ses largesses. Le fait que sa célèbre favorite, Agnès Sorel, décéda en 1450 au Mesnil-sous-Jumièges (à 3 km de Jumièges dans le manoir qui porte aujourd'hui son nom) et que son cœur fut transporté en l'abbaye, n'est sans doute pas étranger à cette générosité de l'amant éperdu. Le corps de la dame de Beauté repose aujourd'hui à Loches.

Jumièges, comme nombre d'autres établissements monastiques, entra en décadence dès le XVIe siècle. A la veille de la Révolution, il n'y restait plus guère qu'une poignée de moines qui furent rapidement expulsés. Vendue comme bien national en 1797, l'abbaye tomba entre les mains d'un marchand de bois peu sensible à la beauté des lieux : Jean-Baptiste Lefort. Cet " esthète " sans scrupule mina la tour lanterne et le chœur, dépeça le cloître, la salle capitulaire et les bâtiments conventuels. Les jardins représentés sur plusieurs gravures du XVIIIe siècle furent laissés en friche. Lefort n'abandonna que les squelettes des églises Notre-Dame et Saint-Pierre, ainsi que le logis de l'abbé (XVIIIe siècle).