Au début du XIème siècle, Guillaume le Grand, duc d’Aquitaine, confie au prieur Théodelin l’ile de Maillezais. Ce dernier, vers 1005/1010, « transfert » sur l’ile le monastère Saint Pierre, bâti trente ans plus tôt à quelques kilomètres de là par Emma, la mère du duc. L’habitat religieux est construit sur les ruines d’une forteresse ducale.

Environ un demi-siècle plus tard (vers 1065/1070), l’abbé Goderan bâtit une abbatiale plus « ambitieuse » mais au cours du chantier (vers 1080) les plans sont modifiés : un puissant massif d’entrée à deux tours prend place à l’ouest et un chœur à déambulatoire et chapelles rayonnantes est érigé à l’est.
L’abbaye, devenue une puissante fondation poitevine, attire la convoitise des seigneurs voisins. Au début du XIIIème siècle, Goeffroy de Lusignan en revendique les droits et la pille à plusieurs reprises.

Vers 1300, le transept est rebâtit dans le « style » du moment. L’hôtellerie et le bâtiment des convers, que nous voyons aujourd’hui, sont construits à cette même période. Dans ce même siècle, guerre de Cent Ans oblige, l’évêque Jean de Marconnay fait murer le massif occidental de l’abbaye et le dote d’un chemin de ronde.

La paix revenue, l’évêque Geoffroy d’Estissac (vers 1540) embellit l’abbaye et la dote d’un nouveau chœur. Mais cette paix est de courte durée. En 1589, Henri IV charge le capitaine huguenot Agrippa d’Aubigné de fortifier la place. Ruinée dès 1592, par les prises successives des catholiques et des protestants, l’abbaye est abandonnée au XVIIème siècle et devient carrière de pierres vers 1800.
En 1996, les ruines deviennent propriété du département de la Vendée qui en démarre la restauration.