La seigneurie existe au moins depuis le XIe siècle. Au commencement du XIIe siècle, un conflit opposa le seigneur d'Arques, allié à l'abbé de Lagrasse et d'autres potentats des alentours, aux vicomtes de Carcassonne. Il semble que cette querelle permit aux seigneurs de Termes de faire main basse sur cette place, idéalement située sur l'un des principaux axes traversant les Corbières d'est en ouest, à la retombée du col du Paradis.

Au commencement de la croisade contre les Albigeois (1209), les occupants des lieux adhérèrent probablement à la cause des " faidits ", ces seigneurs hostiles à la l'implantation violente des chevaliers du nord. Béranger d'Arques est à leurs côtés en 1217. Au cours de l'année 1231, la seigneurie d'Arques est octroyée à Pierre de Voisins, ancien lieutenant de Simon de Montfort, pour services rendus à la cause des croisés. Son fils Gilles I de Voisins lance le chantier de construction de l'actuelle forteresse en 1280. Il est également le signataire de la charte coutumière datant de 1291, établissant les modalités de fonctionnement entre le pouvoir seigneurial et la nouvelle communauté villageoise d'Arques. Son fils, Gilles II, parachève la forteresse au commencement du XIVe siècle.

Arques demeure dans la même famille jusqu'en 1518, date à laquelle la dernière héritière épouse le vicomte de Joyeuse. Assiégée en 1546 par les Espagnols, puis par les protestants en 1575, la place est plus ou moins laissée à l'abandon. Le château est vendu comme bien national après la Révolution.